Η «Σάμος Θρηϊκίη» των ποιητών κατοικείται από την εποχή του Χαλκού. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο (Β, 51), πρώτοι κάτοικοι ήταν οι Πελασγοί, ενώ αργότερα ήρθαν οι Κάρες και οι Θράκες. Ο προϊστορικός οικισμός στο Μικρό Βουνί αποτέλεσε μια από τις πρώιμες πόλεις του αιγαιακού χώρου και πιστεύεται ότι είχε πληθυσμό 500 ανθρώπων περίπου. Τα ευρήματα των ανασκαφών (πήλινα σφραγίσματα με ιερογλυφικά σημεία διπλού πέλεκυ και επιγραφές στη Γραμμική Α’) δείχνουν ότι ο οικισμός ήταν ένας εμπορικός σταθμός της μινωικής Κρήτης που εξυπηρετούσε το διαμετακομιστικό εμπορίο με το βορά.
Η Σαμοθράκη αναφέρεται επίσης στην Ιλιάδα του Ομήρου (Ν 10-14). Ο Ποσειδώνας παρακολουθούσε από την κορυφή του όρους Σάος τον Τρωικό πόλεμο.
Με τον μεγάλο αποικισμό του 8ου αιώνα π.Χ., το νησί κατοικήθηκε από Έλληνες της Σάμου και άλλων νησιών του Αιγαίου. Η πόλη της Σαμοθράκης διατηρούσε στα αρχαϊκά χρόνια αξιόλογο πολεμικό στόλο και έκοβε δικά της ασημένια νομίσματα.
Ευτέρπη Β΄ 51
"1 ταῦτα μέν νυν καὶ ἄλλα πρὸς τούτοισι, τὰ ἐγὼ φράσω, Ἕλληνες ἀπ᾽ Αἰγυπτίων νενομίκασι· τοῦ δὲ Ἑρμέω τὰ ἀγάλματα ὀρθὰ ἔχειν τὰ αἰδοῖα ποιεῦντες οὐκ ἀπ᾽ Αἰγυπτίων μεμαθήκασι, ἀλλ᾽ ἀπὸ Πελασγῶν πρῶτοι μὲν Ἑλλήνων ἁπάντων Ἀθηναῖοι παραλαβόντες, παρὰ δὲ τούτων ὧλλοι. 2 Ἀθηναίοισι γὰρ ἤδη τηνικαῦτα ἐς Ἕλληνας τελέουσι Πελασγοὶ σύνοικοι ἐγένοντο ἐν τῇ χώρῃ, ὅθεν περ καὶ Ἕλληνες ἤρξαντο νομισθῆναι. ὅστις δὲ τὰ Καβείρων ὄργια μεμύηται, τὰ Σαμοθρήικες ἐπιτελέουσι παραλαβόντες παρὰ Πελασγῶν, οὗτος ὡνὴρ οἶδε τὸ λέγω· 3 τὴν γὰρ Σαμοθρηίκην οἴκεον πρότερον Πελασγοὶ οὗτοι οἵ περ Ἀθηναίοισι σύνοικοι ἐγένοντο, [καὶ παρὰ τούτων Σαμοθρήικες τὰ ὄργια παραλαμβάνουσι]. 4 ὀρθὰ ὦν ἔχειν τὰ αἰδοῖα τἀγάλματα τοῦ Ἑρμέω Ἀθηναῖοι πρῶτοι Ἑλλήνων μαθόντες παρὰ Πελασγῶν ἐποιήσαντο· οἱ δὲ Πελασγοὶ ἱρόν τινα λόγον περὶ αὐτοῦ ἔλεξαν, [τὰ ἐν τοῖσι ἐν Σαμοθρηίκῃ μυστηρίοισι δεδήλωται].”


