Η ιστορία των Ιωαννιτών ιπποτών στη Ρόδο ξεκινά το 1305 και συνεχίζεται για 217 χρόνια, έως το 1522, που το νησί έπεσε στα χέρια των Οθωμανών Τούρκων. Οι Ιωαννίτες ιππότες ίδρυσαν το Μοναστικό Κράτος των Ιπποτών της Ρόδου.

Ο Γάλλος Φούλκ ντε Βιλαρέ ήταν ο πρώτος Μεγάλος Μάγιστρος από το 1305 έως το 1319. Διάδοχος του ήταν ο Ελιόν ντε Βιλνέβ, ο οποίος ίδρυσε νομισματοκοπείο και κατασκεύασε οχυρωματικά έργα. O Πιερ ντ’ Ομπισόν (1423-1503) ήταν όμως ο Μέγαλος Μάγιστρος που έβαλε τη σφραγίδα του στη Ρόδο και στο τάγμα των Ιωαννιτών ιπποτών. Στη διάρκεια της θητείας του κατασκευάστηκαν πολλά κτίρια, όπως ο Καθεδρικός Ναός του Αγίου Ιωάννη στην πλατεία Ελευθερίας στο Μανδράκι (σημ. Ευαγγελισμός της Θεοτόκου) και το Νοσοκομείο των Ιπποτών, ενώ ενισχύθηκαν οι οχυρώσεις της παλιάς πόλης.

Το 1480 η Ρόδος πολιορκήθηκε για τρεις μήνες από τους Οθωμανούς Τούρκους του Μωάμεθ Β’ του Πορθητή χωρίς επιτυχία. Το 1481 το Παλάτι του Μεγάλου Μαγίστρου καταστράφηκε από σεισμό και επισκευάστηκε ξανά. Η πτώση του νησιού τελικά έγινε το 1522 από το στρατό του Σουλεϊμάν Α’ του Μεγαλοπρεπή. Οι Ιωαννίτες ιππότες και ο τελευταίος Μεγάλος Μάγιστρος της Ρόδου Φιλίπ ντε Βιλιέ αναχώρησαν το 1523 για τη Μάλτα μαζί με όλη την κινητή περιουσία του τάγματος.

Το παλάτι του Μεγάλου Μαγίστρου βρίσκεται στη βορειοδυτική πλευρά της παλιάς πόλης της Ρόδου. Χτίστηκε τον 14ο αιώνα μ.Χ. στη θέση της παλαιότερης βυζαντινής ακρόπολης του 7ου αιώνα μ.Χ. Οι διαστάσεις του είναι 80×75 μ., ενώ η εσωτερική αυλή έχει διαστάσεις 50×40 μ. Το Παλάτι διαθέτει 158 δωμάτια, αλλά μόνο τα 24 είναι ανοιχτά στο κοινό.

Τα δωμάτια είναι διακοσμημένα με έπιπλα του 16ου και 17ου αιώνα, καθώς και με επιδαπέδια μωσαϊκά των ύστερο-ελληνιστικών, ρωμαϊκών και παλαιοχριστιανικών χρόνων. Υπάρχουν επίσης αγάλματα από την ελληνική και ρωμαϊκή εποχή, χαλιά και βάζα από την Άπω Ανατολή. Στον πρώτο όροφο του Παλατιού βρίσκονται τα διαμερίσματα του Μεγάλου Μαγίστρου, η τραπεζαρία και η Μεγάλη Αίθουσα του Συμβουλίου.

Το παλάτι, εκτός από διοικητικό κέντρο των ιπποτών, ήταν και η έδρα της άρχουσας πνευματικής και κοινωνικής ζωής της Ρόδου. Η κεντρική πύλη του παλατιού βρίσκεται στη νότια πλευρά, πλαισιωμένη από δυο επιβλητικούς πύργους. Στη βόρεια πλευρά υπάρχουν υπόγειοι χώροι που χρησίμευαν ως αποθήκες και καταφύγιο του πληθυσμού σε περίπτωση εχθρικής επιδρομής.

Από την Τουρκοκρατία έως σήμερα

Οι Οθωμανοί χρησιμοποίησαν το παλάτι σαν διοικητικό κέντρο και φρούριο. Μια έκρηξη πυρομαχικών κατέστρεψε το μεγαλύτερο μέρος του το 1856 και παρέμεινε έτσι έως την ιταλική κατοχή των Δωδεκανήσων. Μεταξύ του 1937 και 1940, ο Ιταλός αρχιτέκτονας Vittorio Mesturino αναστήλωσε τα κατεστραμμένα τμήματα του παλατιού. Αποτέλεσε τη θερινή κατοικία του βασιλιά της Ιταλίας Victor Emmanuel III και αργότερα του δικτάτορα Μπενίτο Μουσολίνι. Τα Δωδεκάνησα επιστράφηκαν στην Ελλάδα το 1947. Το παλάτι μετατράπηκε έκτοτε σε μουσείο, που λειτουργεί έως σήμερα, προσελκύοντας χιλιάδες επισκέπτες κάθε χρόνο.